El E46 M3 fue ofrecido con una transmisión estándar de 6 velocidades de Getrag, pero opcionalmente vino con una transmisión drivelogic SMG(también conocido como el SMG II) . Esta es la transmisión estándar Getrag de 6 velocidades con un embrague electrohidráulicamente accionado (sin pedal de embrague). Los cambios se hacen a través de la palanca de cambios SMG o el volante montado shifters de paletas. El motor tenía una línea roja de 8.000 rpm. Como con la mayoría de los motores de M, el S54 otra vez tenía 6 cuerpos de mariposa independientes y esta vez mandos accionados electrónicamente (acelerador de la impulsión-por-hilo sin el cable).
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